غرفة الجماجم تقع أسفل كنيسة خاصة لإقامة الصلاة والتأبين للرهبان والأشخاص المتوفين فى الدير وهى مفاجأة حيث يمكن للزائر المحظوظ فقط أن يطلع على غرفة الجماجم البشرية وهى مكتظة بها فى مشهد يبرز أن الإنسان يقع ما بين بداية ونهاية لا محالة منها وهي غرفة تحتوى على مئات من الجماجم المتراصة فوق بعضها بشكل هرمي، وبالقرب من سقف غرفة الجماجم نوافذ واسعة تتسلل منها خيوط الشمس التي تتكسر فوق الجماجم فتخلف ظلالا من الرهبة هكذا هي عادة رهبان الروم الأرثوذكسيين، فبعد موتهم بفترة يتم نبش القبر وإخراج الرفات وعرضها فى تلك الحجرة مع ما تبقى من عظامهم وفى وسط الغرفة ينتصب هيكل عظمى كامل لرجل يرتدى كامل ملابسه الكهنوتية وهو هيكل الراهب إسطفانوس الذي شيد بوابات التوبة فى طريق جبل موسى، وفى هذه الغرفة من وجهة نظر الرهبان نوع من العظة والعبرة بنهاية الإنسان كما تحوى هذه الغرفة عظام بشرية للرهبان القدماء، إضافة لرفات القديسة كاترين، توجد بالدير "معضمة" تحوي رفات جميع الرهبان الذين عاشوا في الدير وحجرة الجماجم غالبا ما يتم منع الزائرين من دخولها.
وقال الباحث فى الآثار المصرية أحمد عامر إن "غرفة الجماجم" داخل دير سانت كاترين تحتوي على جماجم وعظام بشرية، تعود إلى الأربعين شهيد من الرهبان القدماء، الذين حاولوا إقناع كاترين بالحياة الدنيوية، بينما إستطاعت هى إقناعهم بالحياة الربانية، وقد عاش الأربعين شهيد في الجبل فترة ما من الزمن، ولما توفي والد كاترين وتوالي عمها الحكم حاول بطرق كثيرة إرجاعها فلم ترضخ له فحضر بجنوده وقام بذبح الأربعين عالم لعدم إستطاعتهم إقناع كاترين بالعودة وكانوا أول الشهداء فى هذا المكان.
وتابع "عامر" إلي أن هذه الغرفة تقع أسفل كنيسة خاصة لإقامة الصلاة والتأبين للرهبان في الدير، وتعلوها غرفة بالقرب من السقف لها نوافذ واسعة تتسلل منها خيوط الشمس التي تتكسر فوق الجماجم فتخلف ظلالا من الرهبة، وكانت هذه هي عادة رهبان الروم الأرثوذكسيين، فبعد موتهم بفترة يتم نبش القبر وإخراج الرفات ووضعها تلك الحجرة ويتم وضع الرأس في مكان مخصص والأذرع فى مكان خاص والأرجل فى مكان آخر مع ما تبقى من عظامهم، مئات من الجماجم متراصة فوق بعضها بشكل هرمى.
وأشار "عامر" إلى أنه فى وسط الغرفة ينتصب هيكل عظمى كامل للراهب "إسطفانوس" وهو يرتدى كامل ملابسه الكهنوتية وهو الراهب "إسطفانوس" الذى شيد بوابات التوبة فى طريق جبل موسى، كما يوجد في الغرفة من وجهة نظر الرهبان نوع من العظة والعبرة بنهاية الإنسان.
وأضاف الباحث فى الآثار المصرية أن "كنيسة الموتى" هي عبارة عن حجرة جرى تخصيصها لحفظ جماجم وعظام الموتى من المطارئة ورهبان دير سانت كاترين فقط، وتوجد داخل الحجرة ذات المساحة الواسعة، أكوام على شكل هرمي من الجماجم، وأخرى لعظام الأيد، وأكوام لعظام الأرجل وما يتبقى من رفات، وجميع الهياكل العظمية بالكنيسة للموتى حقيقيين من مطارئة ورهبان الدير على ما يقرب من 1700 عاما، وهذه الغرفه تجذب الكثير من السياح لمشاهدتها والتقاط الصور التذكارية.
