هنأت الكنيسة القبطية الأرثوذكسية وعلى رأسها قداسة البابا تواضروس الثانى بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الرئيس عبد الفتاح السيسي ببدء فترة رئاسية جديدة، يقود خلالها بلادنا نحو مزيد من التقدم والنماء وتحقيق آمال الوطن والمواطنين، وقالت الكنيسة: نصلى أن يمتعه الله القدير بالصحة والقوة، ويحيطه بالسلام والفرح ويوفق خطاه في سبيل بناء مصر المستقبل في ظل الجمهورية الجديدة.
من جانبه هنأ البطريرك الأنبا إبراهيم إسحق بطريرك الإسكندرية للأقباط الكاثوليك، ورئيس مجلس البطاركة والأساقفة الكاثوليك بمصر الرئيس عبدالفتاح السيسى عقب أداء اليمين الدستورية قائلا:”باسم مجلس البطاركة والأساقفة الكاثوليك بمصر، وكل المؤسسات والهيئات الكاثوليكية، وبالأصالة عن نفسي، نهنئ الرئيس عبد الفتاح السيسي، عقب أداء اليمين الدستورية أمام البرلمان في العاصمة الإدارية، رئيسًا لجمهورية مصر العربية لفترة رئاسية جديدة.
كما هنأت الطائفة الإنجيلية بمصر الرئيس عبد الفتاح السيسي وقال الدكتور القس أندريه زكي رئيس الطائفة الإنجيلية بمصر: "الرئيس عبد الفتاح السيسي، رئيس جمهورية مصر العربية، بالأصالةِ عن نفسي وبالإنابة عن أعضاء المجلس الإنجيلي العام ورؤساء المذاهب الإنجيلية بمِصر، وأعضاء هيئة الأوقاف الإنجيلية، أبعثُ لسيادتِكم بخالصِ التهانى القلبية بمناسبة بداية فترة رئاسية جديدة.. وهنأ د. سامي فوزي، رئيس أساقفة إقليم الأسكندرية للكنيسة الأسقفية، الرئيس عبد الفتاح السيسي، وجاء فى نص التهنئة: "يهنئ د. سامي فوزي رئيس أساقفة إقليم الإسكندرية للكنيسة الأسقفية الأنجليكانية، الرئيس عبد الفتاح السيسي رئيس جمهورية مصر العربية، لأدائه اليمين الدستورية لفترة جديدة".
