قبل وفاته في ليلة 18 مارس عام 1965، أوصى الملك فاروق الأول، أخر من حكم مصر من الأسرة العلوية، أن يدفن في مصر وتحديدا في مسجد الرفاعي.
رفض الرئيس الراحل جمال عبد الناصر، الاستجابة لطلب الأسرة بتنفيذ وصية الملك الراحل، فتم الإعداد لدفنه في روما، ولكن بعد إلحاح شديد استجاب جمال عبد الناصر لوساطة الملك فيصل بن عبد العزيز آل سعود، ووافق على أن يتم دفنه في مصر لكنه اشترط ألا يدفن في مدافن مسجد الرفاعي.
في منتصف ليلة 31 مارس 1965، وصل جثمان الملك فاروق إلى مصر، ودفن في تكتم شديد في حوش الباشا، حيث مقبرة جده إبراهيم محمد علي باشا، في منطقة الإمام الشافعي.
وفي السبعينيات، وافق الرئيس محمد أنور السادات، على طلب الأسرة وسمح بنقل رفات الملك فاروق، إلى مسجد الرفاعي، وتم نقل الرفات ليلًا تحت الحراسة الأمنية المشددة، إلى المقبرة الملكية بالمسجد في القاهرة، ودفن بجانب أبيه الملك فؤاد وجده الخديوي إسماعيل.
توفي الملك فاروق في ليلة 18 مارس 1965، وقد كان عمره آنذاك 45 عاما، وحدثت الوفاة في الساعة الواحدة والنصف صباحا، بعد تناوله لعشاء دسم في مطعم، إيل دي فرانس، الشهير بروما، وقيل أنه اغتيل بسم الأكوانتين، بأسلوب كوب عصير الجوافة، وسرت إشاعة تقول إن الملك قد اغتيل على يد إبراهيم البغدادي، أحد أبزر رجال المخابرات المصرية، الذي أصبح فيما بعد محافظا للقاهرة .
واستمر حكم فاروق 16 عاما إلى أن أرغمته ثورة 23 يوليو 1952 على التنازل عن العرش، لابنه الطفل أحمد فؤاد، الذي كان عمره حينها 6 أشهر، وفى تمام الساعة الـ 26 دقيقة مساء يوم 26 يوليو 1952 غادر الملك فاروق مصر على ظهر اليخت الملكي المحروسة ــ وهو نفس اليخت الذي غادر به جده الخديوي إسماعيل عند عزله عن الحكم ــ وأدى الضباط التحية العسكرية، وأطلقت المدفعية 21 طلقة لتحية الملك فاروق عند وداعه.
وكان في وداعه اللواء محمد نجيب وأعضاء حركة الضباط الأحرار، الذين قرروا الاكتفاء بعزله ونفيه من مصر، بينما أراد بعضهم محاكمته وإعدامه، كما فعلت ثورات أخرى مع ملوكها.
