دأبت جماعة الإخوان خلال فترة تولى الرئيس المعزول محمد مرسي، وما قبلها بسيطرتها على مجلس الشعب على التعدي والتجاوز ضد مؤسسات الدولة، وكان أبرز تلك الوقائع ما كانت تخطط له قيادات الجماعة ومكتب إرشادها ضد القضاء بزعم غير حقيقي بأنهم يبتغون تطبيق ما أسموه بـ«تطهير القضاء»، في حين كان مخطط الجماعة الحقيقي غير المعلن يتمثل في رغبتها في «أخونة» القضاء وهيمنة قضاة الإخوان على السلطة القضائية والتغلغل في مفاصلها وهو ما ظهر جليا في إعلان جماعة الإخوان عن تنظيم مليونية للمطالبة بتطهير القضاء.
لتبدأ جماعة الإخوان باستهداف القضاء مع إصدار المحكمة الدستورية العليا حكمها ببطلان انتخابات مجلس الشعب الذي سيطر عليه الأغلبية الإخوانية ، وهو الحكم الذي تم حل مجلس الشعب بناءً عليه.
واستمرت الجماعة في التجاوز بحق القضاء سواء بالتصريحات أو التهديدات، لتكلف بعد ذلك الجماعة الهيئة البرلمانية لحزب الوسط «الأخ الأصغر» للتنظيم بالتقدم بمشروع قانون يقضى بخفض سن تقاعد القضاة من 70 إلى 65 أو 60 عاماً وبذلك تتمكن الجماعة من تنفيذ مخططها لخروج آلاف القضاة مرة واحدة من الخدمة، وإتاحة الفرصة أمام تسكين قضاة جدد محسوبين على الإخوان وموالين لهم ووقتها أعلنت جميع الهيئات القضائية رفض القانون بل واعتبروه مذبحة للقضاة تتم بمباركة إخوانية فى عهد الرئيس المعزول.
ولم يتوقف الأمر عند هذا الحد بل كان حصار آلاف من أنصار الإخوان للمحكمة الدستورية ومنع قضاتها من دخول المحكمة التجاوز الأكبر للإخوان في حق القضاء، فكان الحصار والذى تم في شهر ديسمبر 2012 واستمر 18 يوما بتكليف مباشر من مكتب الإرشاد لمنع البت في حل الجمعية التأسيسية التي وضعت دستورا يخدم مصالح الإخوان، وكذا حل مجلس الشورى وذلك بالتزامن مع استقطاب الإخوان لعدد من القضاة الموالين للتنظيم للعمل السياسى بما يخدم أهدافه وذلك تحت مسمى «قضاة من أجل مصر».
وقررت حينها المحكمة تعليق عملها إلى أجل غير مسمى، وقالت في بيان لها وقتها إن قضاة المحكمة الدستورية العليا يعلنون تعليق جلساتها إلى أجل يقدِرون فيه على مواصلة رسالتهم ووصفت المحكمة الأحداث وحصارها بأنه يوم حالك السواد في سجل القضاء.
