كانت المساجد قديما هي منبع التعليم فكان كل مسجد يضم مكتبة خاصة في مختلف العلوم والفنون على أن تبدأ الدراسة في المسجد عامة حتى يصل الطالب إلى مرحلة ليتخصص في علم معين ويبلغ فيه درجة الأستاذية ثم يلتف حوله الطلاب.
في مخازن مسجد الإمام الحسين الذي كان لا يعرفه أحد قبل آواخر الستينيات كان يحتوي على العديد من المخطوطات الإسلامية وبعض من التراث التاريخي النادر.
وقرر وزير الأوقاف في أواخر عام 1968، حصر هذا التراث وأمر بتشكيل لجنة من ضمنها خبراء عالمين عرب في المخطوطات العربية، ودخلت جريدة "الجمهورية" مع اللجنة لتسجيل هذا الحدث وسردت محتوى المخازن على صفحاتها بتاريخ 28 نوفمبر 1968.
في الدور الأول تقع حجرة تفتح لأول مرة وجد بها مصاحف في أحجام مختلفة، أكبرها يبلغ طوله حوالي 70سنتيمترا وعرضه 50 وارتفاعه 25 سم.
وأصغرها في حجم كف اليد ويمتاز بوضوح الخط والزخارف الملونة المذهبة، كما تضم مصحفا خطيا نادرا وتحت كل كلمة معناها وتفسيرها والوقت الذي كتب فيه يرجح أنه كان عام 242 هجريًا .
وتضم الحجرة عددا كبيرا جدا من المصاحف المجلدة وقطعا من الفن الإسلامي القديم النادر سواء من الفضة كالمباخر أو من الزجاج النادر الملون كالمشكاة والفوانيس والقناديل، إلى جانب عمامة قديمة لتابوت الإمام الحسين.
كما يحتوي على المئات من المخطوطات التي لا يعرف حتى الآن تاريخها، بعضها يحمل عبارات اهداء من أسماء مختلفة من العصور الإسلامية وخاصة عصر المماليك منها (برنجي قادون - محترم جنتكان أفندينا) وجمع حوالي 100 ألف مخطوطة وتم إيداعها في دار الكتب.
ويرجع سبب اختفاء هذا التراث بسبب استيلاء نابليون والحملة الفرنسية عندما جاء إلى مصر على عدد كبير من هذه المخطوطات التي شكلت حضارة أوروبية متقدمة، لذلك لجأ بعض شيوخ المساجد إلى إخفاء هذا التراث وحجبه عن الناس حتى لا يعلم به نابليون ثم المستعمر الإنجليزي من بعده.
