تعد الكليات الإكليريكية أهم المنابر العلمية القبطية بالكنائس القبطية وهى معهد ديني لتخريج واعداد قساوسة بالطوائف المسيحية وتعنى كلمة الاكليريكية مختص بالنصيب أو القرعة وهى كلمة يونانية الأصل وأخذ هذا الاسم من سفر المراثى لأرميا النبي.
وتستخدم كلمة الاكليريكية في الكنائس الشرقية الناطقة باللغة العربية وتطلق على من تعلم بداخلها الإكليريكيون أو ما يعرف بالاكليروس وتتنوع العلوم التي تهتم الاكليريكة على ترسيخها داخل نفوس المتعلمين بداخلها وتتمثل هذه العلوم في علم اللاهوت وعلم التاريخ القبطى واللغة القبطية والأيقونات التراثية.
بدأت فكرة إنشاء الكلية الإكليريكية، فى الكنيسة الارثوذكسية في عهد البابا كيرلس الرابع، المعروف بأبو الإصلاح، حيث مهد، لإنشاء مدرسة إكليريكية لتعليم رجال الدين في الفجالة سنة 1862 ثم بعد ذلك فتح مدرسة إكليريكية سنة 1874 وما أن جاء البابا كيرلس الخامس ففتح الإكليريكية الجديدة التي لم يستطع سلفه أن يكمل العمل فيها وقد عهد بإدارتها إلى القمص فيلوثيئوس إبراهيم علم الدين الذي كان عالما لاهوتيا شهيرا ولكن هذه النبتة لم تستمر كثيرا إلا بضعة شهور.
وأعيد افتتاح الإكليريكية من جديد سنة 1892 وأدارها المرحوم يوسف بك منقريوس، الذي بعد نياحته عين الأرشيدياكون حبيب جرجس أستاذا ثم مديرا لها ثم بعد نياحته صار القمص إبراهيم عطية مديرا لها حتى 30 سبتمبر سنة 1962، حيث رسم قداسة البابا كيرلس السادس القمص انطونيوس السرياني أسقفا للمعاهد الدينية والتربية الكنسية باسم "نيافة الأنبا شنودة"، الذي اختير فيما بعد بطريركا للكنيسة.
ويحصل الدارس في الكلية الإكليريكية على درجة البكالوريوس، كما تمنح درجات الماجستير والدكتوراه في العلوم اللاهوتية، وتسعى الكلية إلى رفع مستوى التعليم والبحث العلمى في مجالات الدراسات اللاهوتية والكنسية.
وتشمل مدة الدراسة في الكلية الإكليريكية أربع سنوات، وتضع مجموعة من الشروط لراغبي الدراسة في الكلية وهي أن يكون المتقدم أرثوذكسيا ومشهودا له بتزكية كتابية من مطران أو أسقف الإيبارشية التابع لها، ولم يصدر بحقه أي أحكام تخص جرائم تمس السمعة، وأن يكون حاصلا على درجة البكالوريوس من أي كلية معترف بها، وأن يكون قد أدى خدمته العسكرية أو أعفى منها وغير مرتبط بزواج أو خطبه ولا يزيد عمره على 27 سنة وقت التقدم للكلية.
ويدرس الطالب مواد مثل هندسة الكتاب المقدس وأقوال الآباء واللاهوت النظري والعقيدى والروحي واللاهوت الأدبي والمقارن وتاريخ الأديان وتفسير العهدين الجديد والقديم، بالإضافة إلى علوم الوعظ والتسبحة والألحان والأحوال الشخصية واللغات القبطية والإنجليزية واليونانية والعبرية والعربية وعلم النفس والاجتماع والفلسفة.
