وافق غالبية قراء بوابة أخبار اليوم، على اعتبار جماعة الإخوان منظمة إرهابية في الاستفتاء الذي طرحته للتصويت. كانت البوابة قد طرحت استفتاء على صفحتها الرئيسية، تحت عنوان: هل توافق على اعتبار جماعة الإخوان منظمة إرهابية ؟ جاءت النتيجة بتأييد 74 % من قراء بوابة أخبار اليوم على اعتبار الإخوان إرهابيين ،بينما رفض 23% ذلك وصوت 3% بلا أعلم .