يواجه بديع مرشد الإخوان العديد من القضايا التي مازال بعضها ينظر بالمحاكم، ومنها ما صدر بشأنه أحكام وطعن المتهم عليها، وقضت فيها محكمة النقض بإعادة المحاكمة.
ومن هنا ترصد بوابة أخبار اليوم، في سياق التقرير التالي بالإنفوجرافيك، أبرز القضايا التي يحاكم فيه بديع داخل قاعات المحاكم، وهي «أحداث البحر الأعظم»، و«أحداث مسجد الاستقامة»، و«أحداث قطع طريق قليوب»، و«غرفة عمليات رابعة»، و«أحداث العدوة»، و«أحداث الإسماعيلية»، و«أحداث مكتب الإرشاد»، و«أحداث بني سويف»،«بئرالسبع» و» أحداث العريش».
«بئر السبع»: 
 أجلت المحكمة العسكرية، الحكم على بديع و71 آخرين في قضية اقتحام قسم شرطة بئر العبد، لجلسة 18 يناير للنطق بالحكم .

وكانت محكمة جنايات شمال سيناء قد أحالت المتهمين إلى المحكمة العسكرية في القضية رقم 287 لسنة 2015، لأنهم اقتحموا قسم شرطة بئر العبد تزامنًا مع فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة، واستولوا على بعض الأوراق الخاصة بوزارة بقسم الشرطة، كما سهلوا هروب 5 متهمين كانوا محتجزين بالقسم خلال اقتحامهم، وشرعوا في قتل ضباطه وأفراده.

«أحداث العريش»:
 قررت المحكمة العسكرية، المنعقدة بالهايكستب، حجز الحكم على بديع و33 متهماً آخرين بالقضية المعروفة إعلاميا بـ "أحداث العريش" بشمال سيناء، لجلسة 18 يناير للنطق بالحكم .

«حرق مجمع محاكم الإسماعيلية»:
قضت المحكمة العسكرية بالإسماعيلية المنعقدة بالهايكستب، بالسجن المشدد 10 سنوات لكل من مرشد الإخوان محمد بديع، وكل من محمد البلتاجي وصفوت حجازي ومحمد وهدان، عضو مكتب الإرشاد، و 308 آخرين من قيادات وأعضاء الجماعة بأحكام تتراوح ما بين البراءة والمؤبد، في قضية حرق مجمع محاكم الإسماعيلية.
كانت النيابة العامة بالإسماعيلية، أحالت القضية المعروفة باسم قضية "مجمع محاكم الإسماعيلية" للمحكمة العسكرية فى ديسمبر الماضي، وترجع أحداث القضية إلى 14 أغسطس 2013 تزامنا مع أحداث فض اعتصامى رابعة والنهضة عندما اقتحم العشرات مبنى مجمع محاكم الإسماعيلية وأضرموا النار في مبنى المحكمة الابتدائية ومبنى النيابات بالمجمع.
« قطع طريق قليوب الزراعي»:
رفضت محكمة النقض الطعن المقدم من المرشد العام لجماعة الإخوان الإرهابية محمد بديع و37 قيادياً بالجماعة، وأيدت عقوبة السجن المؤبد الصادر بحقهم في قضية" قطع طريق قليوب الزراعي ".
كانت محكمة جنايات شبرا الخيمة، المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطرة برئاسة المستشار حسن فريد، قضت بإعدام 10 من قيادات الإخوان، والسجن المؤبد لـ37 آخرين، بينهم بديع، في قضية قطع الطريق الزراعي بمدينة قليوب.
«أحداث مسجد الاستقامة»:
قضت محكمة جنايات الجيزة في 30 أغسطس 2014، حضورياً بمعاقبة كلًا من محمد بديع، وباسم عودة، وعصام العريان، وصفوت حجازي، ومحمد البلتاجي، والحسيني عنتر، وعصام رشوان، ومحمد جمعة حسين بالسجن المؤبد، وغيابيًا بإعدام عاصم عبد الماجد، و5 آخرين .
«غرفة عمليات رابعة»:
أصدرت محكمة جنايات الجيزة المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطره، برئاسة المستشار محمد ناجي شحاتة، حكمها بالإعدام شنقًا لمحمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان و13 آخرين، والمؤبد لـ37 شخصًا من المتهمين من قيادات وأعضاء الجماعة.
وقضت محكمة النقض في 3 ديسمبر 2015 ، بقبول طعن 37 متهمًا من أصل 51 في القضية على الأحكام الصادرة ضد قيادات الإخوان التي تراوحت ما بين الإعدام والسجن المؤبد.
«أحداث العدوة»:
تعود أحداث القضية إلى أغسطس 2013، عندما شهدت مدينة العدوة بمحافظة المنيا أعمال عنف وتخريب تم خلالها حرق وسرقة مركز شرطة العدوة وقتل رقيب شرطة، واقتحام إدارة زراعية ووحدة بيطرية وسجل مدني، عقب فض اعتصامي رابعة والنهضة المؤيدين للرئيس الأسبق محمد مرسي، ونسبت النيابة للمتهمين تهم "التحريض على العنف واقتحام وحرق وسرقة ونهب مركز شرطة العدوة".
وكانت محكمة جنايات المنيا قضت -في يونيو 2014- بإعدام 183 متهما، من بينهم بديع، بعد إدانتهم في القضية، لكن محكمة النقض قررت –في 11 فبراير 2015 - قبول الطعن المقدم من بعض المتهمين في القضية من بينهم بديع، على الأحكام الصادرة ضدهم ما بين الإعدام والمؤبد، وإعادة محاكمتهم.
«أحداث الإسماعيلية»:
أصدرت محكمة جنايات الإسماعيلية المنعقدة بأكاديمية الشرطة، حكمها في محاكمة مرشد الإخوان محمد بديع و104 آخرين، في القضية المعروفة إعلاميًا بـ"أحداث الإسماعيلية".
وقضت المحكمة بمعاقبة محمد بديع مرشد جماعة الإخوان و35 آخرين بالسجن المؤبد ومعاقبة 9 بالسجن المشدد 15 سنة ومعاقبة 19 بالسجن 10 سنوات و21 بالسجن 3 سنوات وبراءة 20 متهماً.
«أحداث مكتب الإرشاد»:
قضت محكمة جنايات القاهرة، المنعقدة في معهد أمناء الشرطة بطرة، برئاسة المستشار معتز خفاجي، بالإعدام في القضية لكل من عبد الرحيم محمد، ومصطفى عبد العظيم البشلاوي، ومحمد عبد العظيم البشلاوي، وعاطف عبد الجليل السمري، بينما قضت المحكمة بالسجن المؤبد للمرشد العام لجماعة الإخوان، محمد بديع، ونائبه خيرت الشاطر وآخرين.
«أحداث بني سويف»:
نظرت محكمة جنايات بني سويف، المنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطرة، في 6 ديسمبر 2016 أولى جلسات محاكمة محمد بديع، مرشد جماعة الإخوان، و92 آخرين، بتهمة حرق مركز شرطة ببا ومقر الشهر العقاري ومدرسة الراهبات عقب فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة يوم 14 أغسطس 2013 في القضية المعروفة إعلامياً بـ"أحداث بني سويف".
« أحداث البحر الأعظم»:
 قررت محكمة جنايات القاهرة، والمنعقدة بمعهد أمناء الشرطة بطرة، برئاسة المستشار حسين قنديل، اليوم الأربعاء، تأجيل رابع جلسات إعادة محاكمة محمد بديع مرشد الإخوان، و13 آخرين من قيادات الجماعة، بقضية "أحداث البحر الأعظم"، لـ 8 فبراير لاستكمال سماع الشهود.